Hegerberg, som startet på benken i det første oppgjøret som laget vant 2-0, var tilbake fra start i hjemmeoppgjøret.
Verken hun eller noen av hennes lagkamerater maktet å tegne seg på scoringslisten på eget gress og etter 82 minutter ble det spenning i kampen da Wolfsburg ble tildelt et straffespark.
Caroline Graham Hansen tok ansvar fra straffemerket og plasserte ballen sikkert til høyre for Lyon-målvakt Sarah Bouhaddi.
Wolfsburg klarte aldri å få den viktige 2-0-scoringen som ville gitt ekstraomganger og dermed er Ada Hegerberg og Lyon klare for semifinale i mesterligaen.
Det er også Bayern München, Barcelona. Manchester City tar imot danske Fortuna Hjørring torsdag.
(NTB)