Den engelske storklubben betalte omkring 300 millioner kroner for å hente Mkhitaryan fra Dortmund, men den offensive midtbanespilleren har ikke vært på banen siden han ble byttet ut til pause i byderbyet mot Manchester City 10. september.
Det hører også med til historien at 28-åringen pådro seg en mindre skade i landslagssammenheng for Armenia i begynnelsen av oktober.
Mourinho mener Mkhitaryan trenger tid for å tilpasse seg Premier League.
– Noen spillere synes det er veldig lett, mens andre trenger mer tid. De trenger tid til å føle på intensiteten og aggressiviteten, og de trenger å kjenne på konkurransen. Mange ganger kommer spillere fra forskjellige land der realiteten er annerledes, sa Mourinho på fredagens pressekonferanse.
– Realiteten er at det er en stor forskjell på konkurransen. Dette er et land hvor det ikke spiller så stor rolle, man er nødt til å være på det høyeste nivået hele veien. Mikhi trenger tid til å bli den toppspilleren vi vet han kan bli.
United-manageren trakk sammenligninger med Angel Di Maria og Willian, spillere han hadde i henholdsvis Real Madrid og Chelsea.
– I Mikhis tilfelle var denne prosessen avbrutt av en skade som holdt ham borte i en måned, og når man er ute i en måned i denne prosessen, da kommer han ikke tilbake i kampform. Vi har troen på ham. Det vil ikke være noe problem.
Manchester United tar imot Burnley lørdag. (NTB)